自2003年以来，各级党委和大力加强应急体系建设，公共卫生应急能力得到了显著提升。近期的疫情防控和防治工作显示，我们的卫生应急工作尚未形成科学、稳定、高效的长效机制。存在的问题包括决策缺乏论证、预案与实战脱节、横向协调不足、保障条件滞后等。特别是SARS期间的前车之鉴，使得某些决策者在进行决策时容易矫枉过正，导致一些工作目标设定偏高，脱离了基层实际条件，影响了卫生应急的效率与效果。
尽管有多种技术措施，但在实际应用中我们发现它们的可操作性并不强。由省级及以上卫生行政部门编制的卫生应急预案和技术方案，有时缺乏对基层情况的充分了解。它们可能过于偏重技术因素而忽视了实施技术所需的保障条件。卫生应急被视为单纯的技术性工作或卫生系统的“家务事”，缺乏宏观视野。基层在执行这些预案和方案时，往往需要自行争取支持保障条件，这增加了协调工作的复杂性和不确定性。基层应急机构中缺乏综合性人才，使得市级以下的预案制定多照转上级预案为主，难以结合实际情况进行操作。例如在某地处理手足口病疫情时，专家要求的每次接诊后必须手消毒在实际操作中因为降低了诊疗效率而导致大量患儿无法及时就诊，最终基层采用了一诊一换乳胶手套的“土办法”解决了问题。
公共卫机构中存在着一种“头重脚轻”的现象。尽管上层部门人员众多，但在实际执行任务的地方部门，这些职能往往由一个公共卫生科室承担。这容易导致上级部门之间的协调不到位，给基层带来文山会海、政出多门和重复检查等问题。甚至由于缺乏沟通，不同的指令可能互相冲突，给基层工作带来困扰。比如某省关于密切接触者的协查程序就存在这样的问题。此外报表设计也过于繁琐重复，不考虑基层的承受能力。这些问题不仅浪费资源，还可能导致信息失真或延迟。
面对这些问题我们需要明确应急机制的针对性和部署性。针对具体的情况建立科学的应急机制以应对各种突发情况而不是采取一对一的处置模式。同时许多文件需要更加具体明确以解决实际问题而不是仅仅提供一般性原则指导。此外还需要避免在没有充分论证的情况下提出不切实际的目标和要求否则不仅无法达到预期效果还可能引发误解和混乱。对此中国疾控中心流行病学首席专家曾光特别强调卫生部门作为防控中坚力量需要提高防控策略的科学性和系统性防止基层疲惫厌战情绪的发生。
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