在正常的生理状态下，我们的身体拥有诸如男性的血睾屏障、精浆中的免疫抑制因子以及男女两性的主动免疫调节机制等保护措施，这些机制确保精子、精浆抗原不会引起自身免疫和异体免疫反应。当某些原因如化学、物理损伤或炎症感染破坏了这些正常保护机制，就会触发抗精子/精浆免疫反应。
对于男性而言，抗精子抗体的出现常与血睾屏障受损有关。例如，在输精管结扎术后，虽然精子继续产生，但肿胀的睾丸网、附睾和输精管会漏出可溶性产物，刺激免疫系统，引发抗精子免疫反应。大约40%至60%接受输精管结扎术的男子可检测出抗精子抗体。而在那些没有发生免疫反应的个体中，可能与其特定的免疫遗传特性有关，他们对精子抗原的反应性较低。
在女性方面，精子和精浆是通过接触的外来抗原，通过免疫识别会产生同种免疫反应，从而产生抗精子抗体。动物实验证明，女性的阴道和子宫黏膜都有吸收抗原的能力。近期在同性恋者的研究中发现，精子接触胃肠道也会导致抗体产生。尽管通过正常，血液循环中产生的抗精子抗体量非常少。经阴道注入抗原后，会在接触部位如阴道、子宫阴道部、子宫黏膜等产生局部抗体。若采用注射抗原的方法进行免疫，将会形成基础免疫和加强免疫的程序，免疫反应的程度取决于个体的免疫状况。如果精子通过输卵管进入腹腔，会引发经腹腔的免疫反应。虽然这在动物实验中已被证实是一个重要的免疫途径，但在人类身上仍难以证明。
大部分女性对精子没有免疫反应，但一部分女性会产生抗精子抗体，这可能与以下因素相关：个体差异在免疫反应中存在显著影响，杂种大鼠和小鼠的实验表明免疫反应的大小存在遗传倾向性；感染也可能引发对精子的免疫反应，当精子和感染的微生物暴露于女性免疫系统时，就可能同时产生抗精子抗体和抗微生物抗体；第三，精子与感染微生物可能存在交叉抗原，这解释了为什么一些儿童血液中会出现抗精子抗体的原因；频繁接触异源性精子抗原的也有更多的机会产生抗精子抗体；如果男性精液中缺乏抑制女性免疫反应的因子，也可能导致女性出现免疫性不孕。这些深入而详尽的生理机制揭示了我们身体内部的奥秘，也为我们对抗疾病提供了宝贵的线索。
