血象检查揭示，患者的中性粒细胞减少，血小板减少。血生化检查则呈现出胆红素血症的高度不同，胆红素水平在34.2至256.5μmol/L之间波动。血清碱性磷酸酶、γ-谷氨酸转酞酶和胆固醇显著升高，转氨酶也可能增加。还有轻度溶血、凝血时间延长、轻度酸中毒等表现。对于脐带先天性感染IgM肝内胆管发育不良，血中胆酸和胆固醇水平明显增加，后者甚至高达14.3至26.0mmol/L（550至1000mg/dl）。谷丙转氨酶（ALT）和碱性磷酸酶水平也明显上升。
通过动态观察血胆红素的变化，可以辅助诊断。如血胆红素逐渐下降，应考虑为肝炎。对于新生儿肝炎，血甲胎蛋白会显著增加。而在胆道闭锁的情况下，血碱性磷酸酶、5-低密度脂蛋白酶和低密度脂蛋白（LP-X）会明显增加。病原学检查发现，乙型肝炎病毒不仅存在于血液中，还可能存在于大多数体液中，包括乳汁，但粪便中似乎没有。
实验室测试如α1-抗胰蛋白酶（α1-AT）缺乏时，血清蛋白电泳α1球蛋白会显著降低，胰蛋白酶抑制能力下降。通过肝组织学检查，可以观察到肝内或肝外胆汁沉积的差异，但不能区分肝组织中的特殊感染原。基因检查对于一些遗传性先天性代谢缺陷疾病至关重要。
B超检查可以确定胆管囊肿是否存在，如果发现胆囊缺乏或发育不良，应考虑可能为胆道闭锁。心血管异常检查也是必要的一环，包括外周和瓣膜肺血管狭窄等。X线检查可显示多脾综合征畸形等异常。必要时，CT和MRI检查可发现颅内钙化。十二指肠引流液测定是一种有效的诊断方法，通过观察胆汁的排出情况，可以辅助判断胆道闭锁的可能性。
