在太平天国覆灭后，洪天贵福开始了他的逃亡生涯。命运并未眷顾他，1864年10月，他在江西巡抚衙门被捕获并被监禁。监禁期间的生活极其恶劣，被迫穿着粗布衣物，蜷缩在稻草堆中，失去了自由与尊严。
1864年11月18日，洪天贵福被押送至南昌市曹刑场。他的囚车沿途被围观百姓堵塞，民众向他投掷烂菜、馊粥，甚至有人提前备好银钱，意图购买他的血肉。这种示众和羞辱无疑是对他身心的双重折磨。
抵达刑场后，洪天贵福因极度恐惧无法站立，被人抬上行刑架。刽子手当众展示各种可怕的刑具，如小刀、锯子、钩子等，并磨刀示威。在这种生与死的边缘，洪天贵福失禁并痛哭不止。
洪天贵福的四肢被钉（或绑）在囚车木架上，以确保无法挣扎。刽子手共割了1516刀，一人负责切割，另一人以油涂抹伤口止血，以延长他的痛苦。这个过程从辰时（约7-9点）持续到酉时（约17-19点），历时约12小时。以“夺魂刀”刺入心脏，结束他的生命。
洪天贵福死时年仅15岁或16岁（不同记载有所不同），他是历史上唯一一位被凌迟处死的“皇帝”。他的悲惨命运无疑令人同情。
在审讯期间，洪天贵福表现出懦弱与无知，试图以归顺清朝换取宽恕，然而并未得到赦免。清廷对他处以极刑，不仅是为了震慑反叛势力，更是为了渲染一种“警示样板”的效果。洪天贵福的悲惨命运不仅是个人悲剧，更是时代背景的产物。
