《轩辕剑之天之痕》是一部背景设定在隋朝的作品，围绕宇文拓与陈靖仇这两位主角的命运纠葛展开。下面为您梳理这部作品的剧情。
在隋朝初年，陈国被隋军所灭。杨素麾下的少年宇文拓，手握上古神器轩辕剑，凭借其一剑之力，斩杀了数万陈国反抗军，成为隋朝震慑天下的象征。陈国的遗臣陈辅为了保全皇子陈靖仇，牺牲了自己的孙子，将陈靖仇秘密救出，并暗中培养他，期望他日后能够复国。
故事的主线剧情是这样的：
陈靖仇被他的师父陈辅赋予了复国的使命。陈靖仇的性格较为散漫，能力也有限，他经常依靠师兄妹们制造一些“勇武假象”来稳定人心。为了对抗宇文拓，陈辅命令陈靖仇寻找伏羲琴、神农鼎等五大上古神器，期望借助神器的力量来复国。
另一方面，宇文拓虽然表面上为隋朝效力，但他的内心却充满了矛盾。他的生母被杨素胁迫，他被迫进行杀戮。他内心厌恶战争，暗中计划收集神器以修补“天之痕”（赤贯星划破结界引发的灾难）。但由于立场问题，他多次与陈靖仇产生冲突。
在陈靖仇寻找神器的过程中，他遇到了女娲石转世的于小雪以及拓跋族少女拓跋玉儿，并逐渐揭开了宇文拓的真实意图。两人从原本的仇敌逐渐转为合作，共同对抗魔界的阴谋。
魔界与人类的对抗是剧情的另一重要线索。魔君企图利用赤贯星吞噬人间，其爪牙宁珂（独孤宁珂）被魔君打入魔果强制成魔，成为宇文拓与陈靖仇的阻挠者。最终，众人合力修补天之痕，成功阻止了魔界的入侵。
