在非洲的某些地区，两种锥虫病悄然蔓延，它们的严重程度与进展过程各异。对于冈比亚型锥虫病，感染后常常无症状，可悄无声息地潜伏数月甚至更久。在这个阶段，患者可能出现颈淋巴结肿大的症状，但早期并不会出现所谓的“下疳”。而罗得西亚型则截然不同，其潜伏期较短，发病迅速且病情严重。感染初期，患者可能出现急性中毒症状，如高烧、消瘦、快速衰弱等，病情急速恶化，通常在6至9个月内因有毒血症而失去生命。
锥虫病的病程可分为三个阶段。首先是早期阶段，被感染性采蝇叮咬后，局部皮肤会出现红肿、疼痛、质地坚硬的症状，这是锥虫性“下疳”。在这个阶段，“下疳”可能会自行消散，但在水肿液中可能检测到锥虫的存在。
接着是淋巴血液期，也被称为锥虫血症期。这个阶段持续的时间可能从10天到数周不等。当锥虫进入血液循环时，会引发一系列严重的症状。不规则的间歇性高烧伴随严重的头痛、疲劳、皮肤瘙痒等全身症状。淋巴结的肿大也可能发生，可能在颈部、锁骨、腋窝和腹股沟等多个部位出现。
随着病情的进展，进入第三阶段即脑膜炎期，此时患者病情严重，体重急剧下降，无法维持正常的工作和生活。头痛变得持续且恶化，伴随嗜睡、性格变化、精神错乱等症状。罗得西亚型的病程进展较快，而冈比亚型则可能较慢。
对于诊断锥虫病，皮肤病变、“下疳”、不规则发热、严重头痛、嗜睡昏睡、淋巴结肿大和心动过速等症状都是重要的线索。但最终的诊断仍然依赖于病原体的检测。在非洲流行区，对这种疾病保持警惕并及早进行医学检查至关重要。
