关于先天性后鼻孔闭锁的畸形学说，各有独特的见解，现选取几个核心理论进行介绍。
首先是广为认可的颊鼻膜胚胎残留学说。在胚胎的第6至7周，原鼻腔与原口腔之间的关键分隔——颊鼻膜，本应完成自我吸收破裂，形成原始的后鼻孔。在某些情况下，膜中间的质组织较为厚实，无法顺利吸收和穿透，这就形成了闭锁间隔。值得注意的是，这种间质组织中混合了来自鼻中隔和腭突的细胞成分。如果闭锁隔断的外加量较小，它可能是膜性的；而如果量较大，则可能形成混合性甚至较厚的骨性闭锁。
接下来是颊咽膜上端未溶解理论。在胚胎的第四周，颊咽膜应当完成溶解破裂，使原口与前肠相连通。由于颊咽膜上端位于腭平面之上，如果它未能如期溶解吸收，便有可能发展为先天性后鼻孔闭锁。
再来看骨性后鼻孔异常发育学说。后鼻孔是由蝶骨及其翼突内侧板、犁骨后缘、犁骨翼和腭骨水平部共同围成的。如果这些骨骼发生过度增生，就可能形成软骨和骨的混合锁。值得注意的是，软骨部分可能源自腭骨。
还有上皮栓块演化理论，该理论指出在胚胎期后鼻孔形成后，可能会受到一侧或两侧的上皮栓块堵塞。随着时间的推移，这些栓块逐渐演化为膜性或骨性闭锁。
最后一种理论是鼻突和腭突异常发育理论，该理论则认为该病是由于周围颊鼻膜周围的异常发育所导致的。这些学说虽然各有侧重，但都为人们理解先天性后鼻孔闭锁提供了宝贵的线索。
