空囊（即空孕囊）在开始萎缩的情况下，药物流产的干净程度主要取决于妊娠时间、孕囊大小及个体对药物的敏感性。以下是综合分析：
1. 早期妊娠且孕囊较小：若停经时间在49天内，孕囊直径约2cm，且对药物（如米非司酮和米索前列醇）敏感，药物流产成功率高，多数可完全排出。此时需在流产后复查超声确认宫腔无残留。
2. 妊娠时间较长或孕囊较大：若超过49天或孕囊体积较大，子宫收缩能力可能不足，易导致不全流产，需住院观察并在必要时行清宫术。残留物较少时可通过药物辅助排出，较多则需手术干预。
3. 个体差异与注意事项：约90%的患者可完全流产，10%可能出现残留。流产后需监测出血量（超过月经量或持续两周需就医），并预防感染。饮食建议补充铁和蛋白质，避免盆浴及性生活1个月。
综上，空囊药流干净的几率较大，但需严格评估指征并遵医嘱复查。
