假性囊肿的并发症可能带来严重的后果，其中继发感染是最常见的致命并发症。变性导致的腹水会从腹管或裂缝渗入腹腔，造成周围的淋巴管堵塞，淋巴外渗引发腹水。正常情况下，腹膜能够吸收大量液体，但在腹水的情境下，由于纤维素渗出、纤维组织增生、炎症细胞浸润以及弹性纤维病变等因素的影响，液体无法被大量吸收，从而在腹腔内积聚。
胰性胸水是与胰假囊肿并存的常见现象，发生率高达50%。当囊肿中的胰液通过横膈膜淋巴管扩散到胸部，刺激胸膜或与囊肿形成瘘管时，就会引起胸水。这种情况下的胸水主要出现在左侧。
假性囊肿内也可能出现出血症状，表现为囊肿急剧增大，可听到血流声。出血原因可能包括囊肿内血管破裂、囊肿侵入胃肠壁、食管静脉曲张破裂并发门脉或脾静脉梗阻、囊肿侵入胆道出血以及假动脉瘤破裂等。一旦出现囊内出血和全身失血的症状，应及时进行动脉造影检查，并采取紧急手术，包括囊肿切除术、结扎出血血管以及囊肿引流等。
也可能受到假性囊肿的影响，包括胰假性囊肿侵蚀脾、胰液从囊肿溢出消化、脾移位组织发炎以及并发脾静脉血栓形成等。在这种情况下，应尽早进行脾切除术和远端切除术。
囊肿还可能发生破裂和穿孔，可能自发穿孔或穿入附近内脏，并伴有胃肠道出血。如果假囊肿破裂进入胃、十二指肠、结肠等器官，患者不一定会有明显症状，但一旦囊肿破裂入腹，死亡率极高，患者常处于休克状态，死亡率可达18％至80％。
除了上述并发症，假性囊肿还可能引发黄疸和腹泻。黄疸可能是由于假性囊肿压迫胆总管导致胆汁排出受阻而引起；而腹泻则可能是由于假囊肿影响了正常的消化功能。这些症状的出现都需要引起足够的重视，并及时就医。
